Okulumuz,  Battalgazi Ulu Camii'nin yanındaki binasında 18 Şubat 1986 tarihinden itibaren Malatya Merkez İmam Hatip Lisesi'nin şubesi olarak eğitim-öğretim hizmeti vermeye başlamıştır. 27 Eylül 1991 tarihinde ise müstakil hale getirildi. Halkımızın okulumuza gösterdiği ilgi okulumuzun fiziki yetersizliğine çözüm getirmiş, 5 Mayıs 1992 tarihinde Yaptırma ve Yaşatma Derneği kurulmuş ve 21 derslikli hizmet binamızın üzerinde yapılacağı arsanın, dönemin Belediye Başkanı Merhum Mustafa YILMAZ tarafından tahsis edilmesi ile işe başlanmıştır.  Milli Eğitim Bakanlığı Müsteşar Yardımcısı Merhum Kenan KOLUKISA tarafından temeli atılan hizmet binamız, 23 Aralık 1996 tarihinde eğitim öğretime hazır hale getirildi.Battalgazi Ulu Camii yanındaki eski binamız, bir süreliğine kız öğrencilerimize tahsis edildi. Şimdi ise Battalgazi Anadolu Lisesi olarak hizmet vermektedir.

   1997 Haziran ayında inşaatına başlanan 288 kişilik pansiyon binamız, 16 Kasım 1999´da hizmete girmiştir. Halen 249 öğrenci kontenjanı ile pansiyon hizmeti verilmeye devam etmektedir.

    21 Nisan 2008 tarihinde de Anadolu İmam Hatip Lisesi bölümü açılmıştır.

    İlimizin büyükşehir olması ve bunun sonucunda okul isimlerinin karışması nedeniyle, il Milli Eğitim komisyonu kararıyla okulumuzun ismi, 13.02.2015 tarihinde Battalgazi Anadolu İmam Hatip Lisesi iken Battalgazi Farabi Anadolu İmam Hatip Lisesi olarak değiştirilmiştir.